石垣島天文台は、日本の最西南端の八重山諸島の石垣島に作られており、その地理的条件を生かし、太陽系天体や突発天体の観測的研究を行っている。
大気が安定で、惑星を高い高度で観測でき、土星や木星などの高品質画像が得られている。
彗星や小惑星の突発現象なども数多く捉えており、2008年12月4日の早朝に起きたガンマ線バースト(GRB081203A)の「残光」の観測に成功している。
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